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Con el objetivo de reportar los índices espontáneos e inducidos y evaluar la eficiencia de diferentes biomodelos murinos en ensayos de genotoxicidad se compararon los índices espontáneos e inducidos con ciclofosfamida (CF) entre ratones de las líneas BALB/C, NMRI, OF-1 y C57BL6/cenp y ratas de las líneas Sprague Dawley (SD), Lewis y Wistar, todas comercializadas en Cuba. Se compararon según los indicadores que se miden en los ensayos in vivo de genotoxicidad, mediante el ensayo cometa alcalino de leucocitos de sangre periférica, micronúcleos y aberraciones cromosómicas de células de la médula ósea y la morfología de la cabeza del espermatozoide. Se reportaron los índices espontáneos e inducidos al ADN en especies murinas comercializadas en Cuba, siendo valores de referencia para este tipo de investigaciones nacionales e internacionales. Los resultados sugieren que la especie murina más eficiente en las técnicas evaluadas al comparar las diferentes especies son los ratones BALB/C con excepción en el ensayo cometa donde la especie más eficiente fueron las ratas SD experimentando los índices endógenos más bajos y los inducidos más altos a ciclofosfamida.