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Os marcadores moleculares auxiliam na seleção de características de difícil avaliação e acessam diretamente o polimorfismo em nível do DNA. O melhoramento genético convencional da cevada torna-se crítico quando a seleção baseia-se somente em dados fenotípicos. O objetivo foi analisar e determinar a distância genética entre 12 genótipos de cevada cultivadas em sete locais da região sul do Brasil. A análise molecular foi realizada por 16 marcadores microssatélites e as características de micromalteação foram altamente influenciadas pelo ambiente para os diferentes locais/genótipos. Relacionando os dados genotípicos com os fenotípicos, os genótipos que se destacaram em qualidade de malte apareceram nos mesmos grupos quanto à diversidade genética. Entretanto, ao verificar o parentesco entre os genótipos e a diversidade genética obtida pelos microssatélites, foi identificado, pelas distâncias genéticas, a formação de mais grupos quando comparados com os resultados apenas de micromalteação. Portanto, o uso desses marcadores demonstra maior especificidade, podendo ser utilizados de imediato nos programas de melhoramento genético da cevada.