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Entre los crocodilianos del Nuevo Mundo, Crocodylus rhombifer presenta la menor distribución natural y es además uno de los más amenazados. Esta especie endémica coexiste en Cuba con el cocodrilo americano (C. acutus), el segundo miembro del género que habita en la isla. Ambas especies se hibridan, tanto en poblaciones naturales como en cautiverio. El presente estudio se centra en la caracterización genética de poblaciones de Crocodylus que habitan en Cuba, mediante el empleo de marcadores nucleares y mitocondriales. Un total de 329 individuos provenientes de las ciénagas de Zapata y Birama se incluyeron en el estudio. El grado de hibridación interespecífico estimado a partir de nueve loci microsatélites resultó ser elevado y subestimado, tanto en el medio natural (49,1%), como en cautiverio (16,1%). El análisis del polimorfismo del ADNmt aportó evidencias de hibridación bidireccional entre C. rhombifer y C. acutus en su medio natural. Por otro lado, reveló una acentuada variación intraespecífica para C. acutus en contraste con una falta de diferenciación genética a este nivel entre las entidades morfológicas C. rhombifer y C. acutus que habitan en Cuba.